روش محاسباتی جدید برای پیش گویی میان کنش بین پروتئین ها

درک میان کنش بین پروتئین ها در بررسی انتقال پیام داخل سلولی، مسیرهای متابولیسمی و مدل-سازی مجموعه های بزرگ و پیچیده پروتئینی مهم است. با افزایش تعداد ژنوم هایی که به صورت کامل تعیین توالی شده اند، شناسایی میان کنش بین پروتئین ها از روی اطلاعات ژنومی یکی از زمینه-های مهم تحقیقاتی در پروتئومیکس کارکردی را به خود اختصاص داده است. همزمان با روش های آزمایشگاهی، روش های محاسباتی مختلفی نیز به منظور پیش گویی روابط عملکردی بین دو پروتئین ارائه شده اند. اساس این روش ها استفاده از اطلاعات به دست آمده از توالی ژن ها و روابط تکاملی ژنوم ها می باشد. در سال های اخیر مجموعه داده های حاصل از روش های مختلفی برای ساخت شبکه های میان کنش بین پروتئین ها به کار رفته اند. تلاش ها برای یافتن ویژگیهای جدید ژنومی که بتوان برای پیش گویی روابط عملکردی از آن استفاده کرد، در جریان است. در این پژوهش، یک روش محاسباتی جدیدی براساس ارتباط بین تعویض رشته ای دو ژن که به لحاظ عملکردی به هم وابسته هستند، پیشنهاد شده است. در طول تکامل، ممکن است که جای گیری در ارتباط با هم دو ژن بر روی رشته های رهبر و پیرو dna، به دلیل ارتباط عملکردی بین پروتئین-های متناظرشان باشد. روش محاسباتی جدید ما (swint) با استفاده از این فرض و محاسبه مقدار اطلاعات دو طرفه بین تغییر مکان دو ژن بر روی دو رشته dna، به بررسی میان کنش بین پروتئین های متناظر با این ژن ها می پردازد. این روش برای مجموعه بزرگی از جفت پروتئین های اشریشیا کولی 12k، هلیکوباکتر پیلوری 26695 و ویبریوکلرا به کار رفته است. میان کنش های پیش-گویی شده با کمک این روش به صورت معناداری با میان کنش های گزارش شده در پایگاه داده های شناخته شده میان کنش پروتئین-پروتئین مطابقت دارد. ما معتقدیم که مطالعه ما می تواند به عنوان قدم اول به سوی پیش گویی در مقیاس وسیع میان کنش های عملکردی در ارگانیسم های مختلف به حساب آید.